A 2012/2013. évi vasúti menetrend december 9-én, vasárnap lép életbe, és 2013. december 14-ig lesz érvényben, a vonatok közlekedése több térségben is kedvezően változik. 

A társaság tájékoztatása szerint Egerbe hat év után ismét hét pár InterCity indul, és a menetidő is legalább 14, vagy akár 34 perccel csökken, így Budapestről Egerbe vagy vissza egy óra ötven perc alatt lehet vasúton eljutni
.
A főváros és Békéscsaba között az eddigi tizenkilenc helyett naponta harminc vonat fog közlekedni óránkénti ütemes menetrendben. A vonatok menetideje két óra huszonnyolc perc lesz, ami a közúti közlekedésnél jelentősen rövidebb. A békéscsabai vasútvonal óránkénti menetrendjének köszönhetően a csatlakozó mellékvonalak utasainak is bővülnek a lehetőségei.

Budapest és Lajosmizse között óránkénti ütemes menetrendet vezetnek be, így 15-ről 19-re nő a napi vonatpárok száma, az oroszlányiak pedig hattal több járatból választhatnak.

A pécsi, a bajai és a kaposvári IC- és expresszvonatok a menetrendváltástól Budapest-Keleti pályaudvarról indulnak és oda érkeznek. Ennek oka, hogy a vasúttársaság készül a jövő évi pályafelújításokból adódó dunántúli fejlesztésekre. Új vonatokkal, úti célokkal és ajánlatokkal bővül a nemzetközi vasúti közlekedés több közeli országba is.

Az EURegio-vonatok közül Bécs felé csak a hajnali első, ellenkező irányban pedig a reggeli első kettő közlekedik Győr és Bécs között, valamennyi más esetben Hegyeshalomban és/vagy Bruck-ban át kell szállni. A vonalon az eddigieknél eggyel több vonatpár közlekedik, és valamennyi járat a megszűnő Südbahnhof helyett az új Hauptbahnhof-on áll meg. Bécsbe Budapestről már 13 eurótól el lehet utazni vonattal.

Budapest és Brno között naponta új EuroCity-vonatpár közlekedik Petrov néven, ezzel biztosítva a nappali kétóránkénti eljutási lehetőséget a Budapest-Pozsony-Breclav útvonalon. Prága mellett már Brno-ba is 39 eurótól elérhetők a kirándulójegyek az oda-vissza útra.

A Maestral nemzetközi gyorsvonat neve Agramra változik, és közvetlen eljutást biztosít Ljubljanába. Erre az új vonatra a Zágrábba utazók már 29 euróért válthatnak jegyet. A Kvarner és a Drava InterCity, a Zagreb nemzetközi gyorsvonat és a kishatárforgalmi vonatok megszűnnek, s nem közlekedik a Citadella nemzetközi gyorsvonat sem.

Az eddigi 19 eurós brassói, bukaresti, nagyszebeni, marosvásárhelyi és kolozsvári ajánlatok köre új úti célokkal bővül, így Máramarossziget, Segesvár, Gyergyószentmiklós, Csíkszereda, Sepsiszentgyörgy is elérhető 19 eurótól, Temesvárra pedig már 15 eurótól el lehet utazni.

Az utasok a 2012/2013-as menetrendkönyvet az ország több mint 200 helyszínén, a nagyobb vasútállomások pénztáraiban tudják megvásárolni 795 forintért. A 2012. december 9-től 2013. december 14-ig érvényes menetrendi információk megtalálhatók az ELVIRA internetes menetrendi keresőben, a menetrendkönyvben, vagy információ kérhető a MÁVDIREKT 06 (40) 49 49 49-es telefonszámán is.

A vasút új menetrendjét hamarosan a Pólus Online-non is megtalálják.