A Műemlékek Nemzeti Gondnoksága, mint kulturális intézmény, munkáját alapvetően költségvetési támogatásból végzi, de a helyreállítások és turisztikai fejlesztések forrását az utóbbi években döntően sikeres uniós pályázatokkal teremti elő. A szervezet jelenleg a legnagyobb kulturális projektgazda, eddig megnyert 14 projektjének összértéke megközelíti a 10 milliárd forintot.

A fejlesztési programok közül 2011-ben kettőt zártak le, idén pedig 3 befejezése várható. A futó projektek szabályosságának és eredményességének eddigi ellenőrzései során az ellenőrző hatóságok szabálytalanságot nem találtak és a beruházások bonyolítását mintaértékűnek minősítették. Az Új Széchenyi Terv keretében a közelmúltban kiírt Felhívás a kiemelt projektjavaslatok benyújtására pályázatra az intézmény 3 régióban nyújt be újabb projektterveket.

A Nyugat-Dunántúli Régióban a prioritás a fertődi Esterházy-kastély helyreállításának folytatása. Az elmúlt években két nagy ütemben közel 4 milliárd forint pályázati forrás állt rendelkezésre, melynek révén a főépület kívül és belül megújult, valamint a kastély előtti útszakasz rendezésére is sor került. A mostani kiírásra beadott 1,7 milliárdos nagyságrendű pályázat a munkák harmadik ütemét célozza, s domináns eleme a kastély nyugati melléképületeinek, mint a Haydneum nevet viselő zenei központ bázisának a helyreállítása és felszerelése. Mindemellett restaurálják a Mária Terézia lakosztályt és egyedülálló színház- és operatörténeti kiállítást is terveznek.

Az Észak-Magyarországi Régió pályázatára az intézmény három projekttervet készített. Az egyik a füzérradványi Károlyi-kastély rehabilitációjára irányul, összértéke 1,3 milliárd forint. A 19. századi lovagkor című terv a műegyüttest a tradicionális és új arisztokrácia életmódjának bemutatóhelyévé fejleszti, s a beruházás során befejezik a még helyreállításra váró kastélyszárnyakat, azok dísz- és egyéb tereit, valamint a nagyléptékű angolparkot és annak építményeit. A másik projekt az edelényi L’Huillier–Coburg-kastély szintén uniós forrásból megkezdett felújításának befejező fázisát dolgozza fel az oldalszárnyak, pavilonok és a kastély földszintjének teljes helyreállításával. Az 1 milliárd forintot meghaladó záróberuházás teszi teljessé a kastélyt körülölelő ún. Kastélysziget revitalizációját is. A harmadik tervezetben egy kevéssé ismert kastély, a fáji Fáy-kastély kulturális és turisztikai fejlesztését bontják ki. A kuriózum számba menő, 1,1 milliárdos elképzelés szerint az épületben Mesemúzeumot alakítanak ki, amely ápolja a szellemi kultúra valamennyi ősi és mindmáig eleven irodalmi-epikai formáit (mondavilág, népmesék, népdalok, stb.), különleges építészeti környezetben. Mivel a kastély a leghátrányosabb helyzetű térségek közé tartozó encsi kistérség meglehetősen szegény településén áll, a projektben megfogalmazott fejlesztés nemcsak értéket őriz, hanem munkalehetőségeket teremt és jelentős idegenforgalmat is gerjeszt.

A Dél-Dunántúli Régióban a Műemlékek Nemzeti Gondnoksága két pályázattal indul. 1,5 milliárd forint összértékű a közelmúltban nemzeti emlékhely státust kapott somogyvári bencés apátság (Szent László király első temetkezési helye) értékcentrikus helyreállítása és turisztikai infrastruktúrájának kiépítése. A templom és a kolostor részleges rekonstrukciója mellett a tervek térszint alatti, kiállításoknak és múzeumpedagógiai foglalkozásoknak is helyet adó látogatóközpontot vizionálnak. A jelenlegi állapotában is kedvelt idegenforgalmi célpont, az ozorai Pipo várkastély teljes helyreállítása szerepel az intézmény másik projekttervében, ugyancsak 1,5 milliárdos összeggel. A programban a külső várfalak és a várárkok rekonstrukciója dominál, de a várbörtön helyreállítása és a valóban működő reneszánsz piactér kialakítása sem marad ki.

Az intézmény pályázatai a Nemzeti Erőforrás Minisztériumának támogatásával hamarosan a Nemzetgazdasági Minisztériumba érkeznek, ahol értékelik azokat és május elején döntésre a kormány elé kerülnek.